Сейчас Ашотян находится под домашним арестом. По материалам уголовного дела, экс-министр образования использовал служебное положение для того, чтобы в сговоре с экс-главой Минфина Гагиком Хачатряном, его сыном, главой Совета правления, ректором Ереванского университета им. Брюсова и тремя проректорами вуза, а также связанным с ними лицом посредством коррупционной схемы передать недвижимость и земельный участок площадью в 451,1 кв. м (стоимостью в 209 млн драмов) на улице Пушкина 38/1 в собственность фонда высокопоставленного чиновника и связанного с ним лица.
Для сокрытия незаконного происхождения имущества оно было сначала зарегистрировано на имя некоего Г. Т., после чего была осуществлена его фиктивная продажа сыну Гагика Хачатряна.
Кроме того, Ашотяна и бывшего ректора Ереванского медицинского университета им. М. Гераци Микаэла Нариманяна обвиняют в хищении имущества, принадлежащего вузу, на сумму почти $100 тыс. Им инкриминируют приобретение по завышенным ценам коттеджей гостиничного комплекса "Цовасар" в период, когда зампред РПА возглавлял совет попечителей вуза. С июня Ашотян находится под арестом (который был избран в качестве меры пресечения).